3 spôsoby určenia genotypu

V DNA sú zakódované všetky vlastnosti, ktorými disponuje jeden organizmus. Určité kombinácie nukleotidov DNA vytvoria rôzne genotypy alebo dvojice znakov. Znaky zastúpené v genotype môžu byť dominantné alebo recesívne a určia, ako sa daný znak prejaví v organizme. Na určenie genotypu môžete použiť Punnettov štvorec. Ak pracujete v pokročilejšom laboratóriu, môžete použiť analytické metódy, ako je analýza PCR a hybridizácia nukleových kyselín, aby ste určili, aké genotypy sú prítomné.

Metóda 1 z 3:Práca s Punnettovými štvorcami


Nakreslite štvorec 2×2. Punnettov štvorec sa používa na určenie pravdepodobnosti genotypu potomka na základe genotypov jeho rodičov. Štvorec bude označený genotypom každého rodiča. V rámci štvorca sa zobrazia možné genotypy potomkov.


Označte ľavú stranu. Vezmite genotyp jedného rodiča a rozdeľte dve písmená (predstavujúce dominantné a recesívne znaky). Umiestnite jedno písmeno do ľavej časti horného riadku a jedno písmeno do ľavej časti dolného riadku. To bude predstavovať príspevok daného rodiča ku genotypu potomka.

  • Je zvykom umiestniť dominantný znak (veľké písmeno) do horného riadku a recesívny znak (malé písmeno) do dolného riadku, ak sú tieto dva znaky odlišné.


Označte hornú stranu. Znaky druhého rodiča by sa mali rozdeliť rovnakým spôsobom. Tentoraz umiestnite jedno písmeno nad ľavý stĺpec a druhé nad pravý stĺpec. To bude predstavovať príspevok druhého rodiča ku genotypu potomka.

  • Je zvykom uvádzať dominantný znak (veľké písmeno) na ľavej strane a recesívny znak (malé písmeno) na pravej strane, ak sa tieto dva znaky líšia.


Zadajte známe informácie. Teraz môžete vyplniť každý štvorec. Do každého štvorca napíšte písmeno, ktoré zodpovedá riadku, v ktorom sa štvorec nachádza. Potom napíšte písmeno, ktoré zodpovedá stĺpcu, v ktorom sa štvorec nachádza. Týmto sa určia všetky možné genotypy potomka, ako aj percentuálny podiel, v ktorom by sa mohli vyskytovať.

  • Pri zmiešaných znakoch napíšte genotyp tak, aby bol dominantný znak uvedený ako prvý (Rr namiesto rR).

Metóda 2 z 3: Sekvenovanie pomocou PCR


Vyberte primer. Primer je molekula, ktorá sa viaže na určitú sekvenciu DNA. Po naviazaní sa môže detekovať väzba, aby sa určilo, či sa daná sekvencia vo vzorke vyskytovala alebo nie. To umožňuje testovať špecifické sekvencie, ktoré zodpovedajú určitému genotypu.[1]


Odoberte vzorku DNA. Po výbere primeru, ktorý sa viaže na danú sekvenciu, budete musieť extrahovať DNA z bunky. Postupujte podľa príslušného extrakčného protokolu pre vaše laboratórium. Po odobratí vzorky ju môžete otestovať.[2]


Pridajte primer k vzorke. Pridanie primeru do vzorky DNA. Ak je prítomná sekvencia zodpovedajúca tomuto primeru, bude sa viazať na molekulu. Po dokončení tohto postupu môžete prejsť k analýze.[3]


Analýza výsledkov. V jednoduchých prípadoch sa výsledky jednoducho vrátia ako pozitívne alebo negatívne na základe toho, či sa primer naviazal na vlákna DNA alebo nie. Niektoré zložitejšie metódy môžu vyžadovať post-PCR postupy. Tieto postupy môžu byť zdĺhavé a nákladné, a ak je to možné, vyhýbame sa im.[4]

Metóda 3 z 3:Využitie hybridizácie nukleových kyselín


Roztriediť vzorku DNA. Štiepenie DNA je proces, ktorý rozdeľuje dve vlákna DNA. Každé vlákno tak zostane bez svojho komplementárneho páru báz. Tento otvor umožňuje DNA spojiť sa s inými komplementárnymi vláknami.[5]


Oddeliť fragmenty pomocou elektroforézy. Elektroforéza je proces, ktorý využíva elektrický prúd na prenos molekúl cez gél. V tomto prípade by ste mali použiť agarózový gél. DNA bude putovať k pozitívnemu koncu gélu a bude oddelená podľa veľkosti.[6]


Preneste na nylonový alebo nitrocelulózový papier. Po oddelení vlákien sa musia preniesť z gélu. Na prenos vzorky na list nylonového alebo nitrocelulózového papiera použite postup Southernovho prenosu. Tieto médiá sú vhodnejšie na pridanie sondy.[7]


Pridajte sondu. Sondy sú vlákna DNA, ktoré dopĺňajú dané vlákna. Ak je prítomné vlákno reprezentujúce konkrétny genotyp, naviaže sa na sondu. Sonda obsahuje aj fluorescenčnú molekulu, ktorá sa bude dať zistiť počas analýzy.[8]


Umyte papier. Po poskytnutí dostatočného času na to, aby sa sonda naviazala na akúkoľvek prítomnú vzorku, musíte papier umyť. Postupujte podľa špecifických postupov pre vaše laboratórium, ale zvyčajne to zahŕňa len ľahké opláchnutie papiera vodou. Dávajte pozor, aby ste vzorku počas umývania neznečistili alebo nepoškodili.[9]


  • Vystaviť papier. Po premytí vzorky ju môžete preskúmať. Vystavením vzorky ultrafialovému svetlu sa excituje fluorofor pripojený k sonde. Vytvoríte tak obrázok s oblasťami intenzívneho svetla v porovnaní s pozadím. Ak nie je prítomná žiadna sonda, nezobrazia sa žiadne osvetlené oblasti.[10]

    • Prítomnosť sondy znamená, že je prítomná sekvencia zodpovedajúca danému genotypu.
  • Odkazy