Ako vypočítať skóre LOD: 11 krokov (s obrázkami)

LOD skóre alebo logaritmus skóre šancí je štatistický test používaný pri analýze genetických väzieb. Skóre LOD porovnáva pravdepodobnosť získania testovacích údajov, ak sú tieto dva lokusy prepojené, s pravdepodobnosťou získania testovacích údajov, ak tieto dva lokusy prepojené nie sú.

Kroky


Pri výpočte skóre LOD existujú dva prípady. Najčastejšie sa používa, keď máte malý počet potomkov. V takom prípade použite metódu uvedenú pod nadpisom „Keď je veľkosť potomstva malá“. V prípade, že je veľkosť vášho potomstva malá a máte pocit, že počet rekombinantov a nerekombinantov presne vyjadruje genetickú vzdialenosť medzi dvoma génmi (čo je v ľudskej genetike zriedkavé), použite metódu v časti „Keď je veľkosť potomstva veľká“.

Metóda 1 z 2:Keď je veľkosť potomstva malá


Predpokladajte určitú genetickú vzdialenosť medzi dvoma génmi (medzi 0 a 0 a 50cM). Predpokladajme, že genetická vzdialenosť (r) je 0.1.


Predpokladajte, že máte 13 jedincov, z ktorých 2 sú rekombinantní. Pravdepodobnosť nerekombinácií bude 1-r = 1-0.1 = 0.9


Keďže chcete sledovať každý genotyp, vydelíte ho 2: (1-r)/2=0.45. Pravdepodobnosť rekombinantov bude r/2 = 0.1/2 = 0.05

  • Pravdepodobnosť Dáta, ak sú dva gény spojené, je ((r/2)^R)*(((1-r)/2)^NR), kde R = # rekombinantov a NR = # nerekombinantov. Takže pravdepodobnosť údajov, ak sú dva gény prepojené, je ((0.05)^2)*((.45)^11)
  • Pravdepodobnosť Dáta, ak sú dva gény nespojené, je (0.25)^(R+NR) = (0.25)^13
  • Teraz log šancí = (pravdepodobnosť údajov, ak sú dva gény spojené)/(pravdepodobnosť údajov, ak sú dva gény nespojené). Takže logaritmus šancí = ((((.05)^2)*((0.45)^11)) / ((0.25)^13) = 25.7
  • Skóre LOD bude log10(25.7) = 1.41.


Opakujte tento postup pre r ako 0, 0.01, 0.03 ,0.05, 0.3 a 0.5.

  • Najvyššia hodnota skóre LOD, ktorú dostanete, je správna odpoveď. Genetická vzdialenosť, ktorú ste predpokladali, je pravdepodobne blízka skutočnej vzdialenosti medzi dvoma záujmovými génmi.

Metóda 2 z 2:Keď je veľkosť potomstva veľká


Stanovte rodokmeň pre dva lokusy záujmu. Čím viac údajov získate, tým lepšie.


Určite počet rekombinantov a počet nerekombinantov. Napríklad predpokladajme, že alely A1 a B1 na jednom lokuse 1 pochádzajú od jedného rodiča a A2 a B2 na lokuse 2 pochádzajú od druhého rodiča. Potomstvo, ktoré zdedí A1B1 alebo A2B2, nie je rekombinantné, zatiaľ čo potomstvo, ktoré zdedí A1B2 alebo A2B1, je rekombinantné.


Vypočítajte pravdepodobnosť získania výsledkov za predpokladu, že oba lokusy sú spojené. Je to dané vzťahom ((R/(R+NR))^R)*((1-(R/(R+NR)))^NR), kde R = počet rekombinantov, NR = počet nerekombinantov.

  • Napríklad v systéme krvných skupín MNS sú M a S spojené a N a s sú spojené. Predpokladajme, že v 100 náhodných jedincoch má 25 haplotyp MS, 30 haplotyp Ms, 6 haplotyp NS a 39 haplotyp Ns. Keďže M a S sú prepojené a N a s sú prepojené, MS a Ns sú nerekombinované a Ms a NS sú rekombinované.
  • Počet rekombinantov = R = 30+ 6 = 36, zatiaľ čo počet nerekombinantov = NR = 25 + 39 = 64. Frekvencia rekombinantov je R/(R+NR) = 36/(36+64) = 0.36.
  • Pravdepodobnosť získania výsledkov za predpokladu, že oba lokusy sú spojené, je teda ((0.36)^36)*((1-(0.36))^64) = 4.19187538*10^-29.


Vypočítajte pravdepodobnosť získania výsledkov za predpokladu, že tieto dva lokusy nie sú prepojené. Táto hodnota je daná vzťahom 0.5^(NR+R). Vo vyššie uvedenom príklade je to 0.5^(64+36) = 0.5^100 = 7.88860905×10^-31.


Pravdepodobnosť získania výsledkov za predpokladu, že sú oba lokusy spojené (z kroku 3 vyššie), vydeľte pravdepodobnosťou získania výsledkov za predpokladu, že oba lokusy nie sú spojené (z kroku 4 vyššie). Pre náš príklad sa to rovná 4.19187538*10^-29/7.88860905×10^-31 = 53.14.


  • Vezmite logaritmus základu 10 z pomeru získaného vyššie (krok 5). Pre náš príklad sa to rovná log 53.14 = 1.73.